Daop VI Yogyakarta menyampaikan kenaikan harga tiket prameks Rp.15.000 naik dari harga sebelumnya Rp.10.000. Kenaikan sebesar 50% ilakukan mengingat tingginya biaya operasional kereta api. Kenaikan harga tiket prameks efektif mulai Agustus 2012.
Menurut Komisaris PT Kereta Api, Yahya Ombara, rencana kenaikan harga tiket Prameks dirasawajar. Hal yang sama juga terjadi dengan tarif kereta rel listrik (KRL) di Jabodetabek (Jakarta, Bogor, Depok, Tangerang, Bekasi) juga sudah naik terlebih dulu.
Namun kenaikan tersebut dari sisi konsumen memberatkan. Pelayanan prameks juga belum maksimal. Saat ini ada tiga set kereta rel diesel elektrik (KRDE) sedang masuk bengkel dan sedang diperbaiki di Balai Yasa Yogyakarta.
Akibatnya ada Jadwal perjalanan Prameks yang terpaksa dibatalkan. Jadwalnya antara lain 202 dari Yogyakarta pukul 05.15 WIB, KA 203 dari Solo pukul 06.30 WIB, KA 218 dari Yogyakarta pukul 17.30 WIB, dan KA 219 dari Solo pukul 19.35 WIB.
Padahal setiap hari Kereta Prameks mengangkit 12 ribu orang. Dengan pengurnagan tersebut banyak penumpang yang harus berdesakan untuk bisa masuk.